新鲜粪便由进粪口进入一池,池内粪便开始发酵分解、因比重不同粪液可自然分为三层,上层为糊状粪皮,下层为块状或颗状粪渣,中层为比较澄清的液。在上层粪皮和下层粪渣中含细菌和寄生虫卵多,中层含虫卵少,初步发酵的中层粪液经过粪管溢流至第池,而将大部分未经充分发酵的粪皮和粪渣阻留在一池内继续发酵。

流人第三池的粪液一般已经腐熟,其中病菌和寄生虫卵已基本杀灭。在一池内取出的粪渣须经堆肥或化学法处理后再作肥料,第三池取出的粪水可用作肥料。
三格化粪池厕所的结构由便器、进粪管、过粪管、三格化粪池、盖板五部分组成。